孕酮低可能由多种原因引起，比如内分泌失调，像多囊卵巢综合征患者，体内激素平衡被打破，就容易出现孕酮水平偏低的情况，大约有30%左右的多囊卵巢综合征患者存在孕酮低的问题；还有黄体功能不全，卵巢排卵后形成的黄体能分泌孕酮，如果黄体功能不全，其分泌的孕酮量就会不足。
内分泌系统紊乱因素
下丘脑 - 垂体功能异常：下丘脑分泌促性腺激素释放激素，垂体分泌促性腺激素来调节卵巢功能。当下丘脑 - 垂体功能出现问题时，会影响到卵巢的正常排卵和孕酮分泌。比如一些患有垂体疾病的患者，垂体分泌的促性腺激素减少，就会导致卵巢功能异常，进而使孕酮分泌不足。甲状腺功能异常：甲状腺激素与生殖内分泌有着密切联系。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响到下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而引起孕酮低。研究发现，约15% - 20%的甲状腺功能减退患者同时存在孕酮水平偏低的情况。
卵巢功能问题
卵巢储备功能下降：随着年龄增长，女性卵巢储备功能会逐渐下降，35岁以后这种下降趋势更为明显。卵巢储备功能下降时，卵泡发育不良，会影响孕酮的分泌。数据显示，35岁以上女性中，约25%存在卵巢储备功能下降导致的孕酮低现象。卵巢疾病影响：像卵巢囊肿、卵巢肿瘤等疾病会破坏卵巢的正常组织，影响卵巢的内分泌功能，使得孕酮分泌减少。例如卵巢囊肿患者中，有相当一部分人会出现孕酮水平低于正常范围的情况。
其他因素影响
生活方式不良：长期熬夜、过度劳累等不良生活方式会影响内分泌系统的正常功能。长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响激素的正常分泌节律，进而可能导致孕酮低。有调查显示，经常熬夜的人群中，约20%存在孕酮低的情况。药物影响：某些药物也可能影响孕酮水平。比如长期服用某些避孕药，其中的激素成分会干扰体内自身的激素平衡，可能导致孕酮分泌受到抑制。