眨眼睛时眼睛痛，可能与以下原因有关。
1.感染
（1）感染性结膜炎：由于细菌、病毒、衣原体等感染结膜而引起的炎症，可导致眼睛红肿、疼痛、畏光、流泪、分泌物增多等症状，眨眼睛时会加重疼痛。
（2）角膜炎：角膜是眼睛表面的透明组织，如果受到感染、外伤或其他原因的损伤，可能会引发角膜炎。角膜炎会导致角膜炎症、水肿和疼痛，眨眼睛时会刺激角膜，引起疼痛加剧。
（3）泪囊炎：泪囊炎是由于泪囊感染引起的炎症，可导致泪囊红肿、疼痛，甚至可能会出现脓性分泌物。眨眼睛时，泪囊受到刺激，会加重疼痛。
2.外伤
眼部受到外伤，如碰撞、划伤、异物进入等，可能会导致眼部组织损伤，引起疼痛。眨眼睛时，眼睑的运动可能会进一步刺激受伤的组织，加重疼痛。
3.过敏
过敏反应也可能导致眼睛疼痛，尤其是过敏性结膜炎。过敏原如花粉、尘螨、动物毛发等进入眼睛后，会引起过敏反应，导致眼睛红肿、瘙痒、疼痛等症状。
4.干眼症
干眼症是由于泪液分泌不足或质量下降，导致眼睛表面干燥而引起的疾病。眨眼睛时，眼球表面的摩擦会加重干燥和不适感，引起疼痛。
5.其他原因
（1）青光眼：眼压升高可能导致青光眼，引起眼睛疼痛、视力下降等症状。
（2）巩膜炎：巩膜的炎症也可能导致眼睛疼痛，通常伴有巩膜的红肿。
（3）神经系统问题：三叉神经痛等神经系统疾病也可能引起眼部疼痛。
如果眨眼睛时疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如视力模糊、眼红、分泌物增多、恶心、呕吐等，应及时就医。医生会进行详细的眼部检查，确定疼痛的原因，并给予相应的治疗。
在等待就医期间，应注意以下几点：
1.避免揉眼，以免加重眼部损伤或感染。
2.保持眼部清洁，避免用眼过度。
3.避免佩戴隐形眼镜。
4.如果有分泌物，可用生理盐水或医生建议的眼药水冲洗。
5.按照医生的建议使用眼药水或眼药膏。
需要注意的是，不同原因引起的眼睛疼痛治疗方法不同。因此，在就医时应如实告知医生症状的发生时间、频率、加重或缓解因素等，以便医生做出准确的诊断和治疗。同时，对于儿童、老年人、孕妇等特殊人群，如果出现眼睛疼痛，应及时就医，因为他们的眼部情况可能较为特殊，需要特别关注。