脊索瘤是一种良性的肿瘤，生长比较缓慢，可以在早期出现头疼的症状，头疼症状可以表现为持续性的钝痛，并且随着病情的发展逐渐的加重，可以表现为整个头部疼痛，也可以向后枕部扩散。
另外脊索瘤可以因为位于不同的位置而出现不同的症状，如果是位于鞍区的话，可以影响垂体的功能，可以导致男性阳痿早泄、女性出现月经紊乱、闭经的情况，还压迫到视神经和视交叉导致出现视力的下降，以及出现视野的缺损，如果是位于斜坡位置，可以压迫到脑干，会影响到下肢的行走，导致出现步态的异常以及行走的障碍，另外还可以导致出现外展神经的损伤、导致眼球的活动受限。