小针刀治疗可能出现一些副作用，比如局部出血或血肿，在操作过程中，如果损伤到小血管，可能会出现局部少量出血，形成小血肿，一般1~2周可自行吸收，但个别人可能恢复时间稍长些。
局部感染风险
操作环境不达标：如果小针刀治疗时，使用的器械消毒不严格，或者治疗部位皮肤本身有破损、炎症等情况，就容易引发局部感染。表现为治疗部位红、肿、热、痛，严重时可能有脓性分泌物。自身抵抗力差：本身患有糖尿病等基础疾病，或者身体抵抗力较弱的人，在接受小针刀治疗后，局部感染的风险相对更高。
神经损伤问题
操作不当致神经损伤：小针刀操作时，如果医生经验不足，操作位置不准确，可能会损伤周围神经。比如在颈部、腰部等部位进行小针刀治疗时，如果误伤到神经，可能会出现相应神经支配区域的麻木、疼痛、活动受限等症状。个体神经敏感差异：不同人对神经损伤的耐受和反应不同，有些人可能轻微的神经损伤就会有较明显的不适，而有些人可能症状相对隐匿。
疼痛加重情况
术后反应过度：部分人在小针刀治疗后，可能会出现短时间内疼痛加重的情况，这可能是身体对治疗的一种应激反应。一般经过休息等处理后会逐渐缓解，但也有少数人疼痛加重持续时间较长。病情本身波动：有些疾病在治疗后可能会有短暂的疼痛加重，比如一些慢性疼痛性疾病，在小针刀刺激后，病情可能会有短时间的波动，但通常会朝着好转的方向发展。