吃治疗幽门螺旋菌的药可能会有一些副作用。一般来说，常见的副作用发生率在一定范围内，比如使用质子泵抑制剂等药物时可能会出现一些情况。
胃肠道方面的副作用
口干：部分患者在服用治疗幽门螺旋菌的药物后可能会出现口干的情况，这是比较常见的胃肠道相关副作用之一，可能是药物对唾液腺分泌产生一定影响所致。恶心呕吐：有些患者用药后会感觉恶心，严重时可能出现呕吐症状，尤其是服用某些抗生素类药物时，对胃肠道的刺激可能导致这种情况发生，大约有一定比例的患者会出现不同程度的恶心呕吐反应。
神经系统方面的副作用
头痛：个别患者在服药期间会出现头痛症状，其发生机制可能与药物影响神经系统的某些代谢或神经传导有关，一般程度较轻，但也有少数人头痛较为明显。头晕：部分人会感觉头晕，这可能是药物对中枢神经系统产生一定作用引起的，在用药过程中需要注意避免从事需要高度集中注意力的活动，如驾驶等。
血液系统方面的副作用
白细胞减少：少数情况下，服用某些治疗幽门螺旋菌的药物可能会影响血液系统，导致白细胞减少，此时患者可能会感觉容易疲劳、抵抗力有所下降等，所以用药期间需要定期监测血常规等指标。血小板减少：极个别患者可能出现血小板减少的情况，不过相对较为少见，一旦发现血小板异常降低，需要及时就医评估处理。
其他可能的副作用
过敏反应：虽然发生率较低，但也有患者可能对治疗幽门螺旋菌的药物中的某些成分过敏，表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状，若出现过敏情况需立即停药并就医。肝肾功能影响：长期或大剂量使用某些药物时，可能会对肝肾功能产生一定影响，不过在规范用药且定期监测下，这种情况发生的风险相对可控，但仍需关注自身肝肾功能指标变化。