发烧腿疼可能由多种原因引起，比如感染性疾病，像流感病毒感染时，约30% - 50%的患者会出现肌肉酸痛包括腿疼的情况，同时伴有发烧。
感染性疾病导致
细菌感染引发：当身体受到细菌侵袭，比如链球菌感染引起的风湿热，除了发烧外，会出现关节疼痛，包括腿部关节，这是因为细菌感染后引发免疫反应，导致关节周围组织炎症，进而出现腿疼和发烧。还有肺炎链球菌等引起的肺炎，严重时也可能伴随发烧腿疼，是由于感染扩散，炎症因子释放影响到肌肉骨骼系统。病毒感染相关：除了流感病毒，EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症，患者会有发热症状，同时伴有肌肉疼痛，包括腿部肌肉，这是病毒在体内复制，刺激机体产生免疫反应，释放炎性介质导致腿疼。麻疹病毒感染初期也会有发烧，之后出现皮疹，同时可能伴随全身肌肉酸痛，包括腿疼。
自身免疫性疾病因素
类风湿关节炎活动期：虽然类风湿关节炎主要侵犯小关节，但在活动期也可能出现发热情况，同时伴有关节疼痛，包括腿部关节，这是自身免疫系统攻击关节滑膜，导致炎症反应，引起腿疼和发烧，这类患者发烧一般是低热或中等度热，腿疼呈对称性，多发生在小关节周围，但也可能波及腿部大关节。幼年特发性关节炎：多见于儿童，发病时会有发热症状，同时有关节炎症表现，腿部关节容易受累出现腿疼，它的发热类型多样，可为持续性或间歇性发热，腿疼表现为关节肿胀、疼痛，影响活动。
其他可能情况
剧烈运动后：如果发烧前有剧烈运动，肌肉会产生乳酸堆积，同时运动可能导致身体轻微损伤，引发炎症反应，从而出现发烧伴随腿疼，这种情况一般发烧体温多在38℃以下，腿疼是肌肉酸痛为主，休息后可逐渐缓解，但如果持续不缓解或发烧加重需就医。药物不良反应：某些药物服用后可能出现发烧腿疼的不良反应，比如抗生素中的磺胺类药物，个别人群服用后会出现发热，同时伴有关节肌肉疼痛包括腿疼，此时需要停药并就医调整治疗方案。