治儿童结膜炎的眼药水有多种，常见的有抗生素类眼药水和抗病毒类眼药水等。比如细菌性结膜炎常选用抗生素类眼药水，而病毒性结膜炎则多用抗病毒类眼药水。
抗生素类眼药水
妥布霉素滴眼液：主要针对细菌感染引起的儿童结膜炎，能抑制细菌生长繁殖。一般来说，它对常见的引起眼部感染的细菌有较好的抗菌作用，但要注意在医生指导下使用，使用前需清洁双手。左氧氟沙星滴眼液：也可用于细菌感染导致的儿童结膜炎，但2岁以下儿童使用需谨慎，因为它可能对儿童的骨骼发育等有潜在影响，所以要严格遵循医生的建议来决定是否使用。
抗病毒类眼药水
阿昔洛韦滴眼液：适用于病毒感染引发的儿童结膜炎，像腺病毒等引起的病毒性结膜炎就可以用。它能抑制病毒DNA的合成，从而发挥抗病毒的作用。不过使用时要注意观察儿童的眼部反应，如果出现不适要及时停药并就医。更昔洛韦眼用凝胶：同样用于病毒性结膜炎的治疗，对于儿童病毒性结膜炎有一定的疗效，但在使用过程中要注意按照正确的方法给药，避免药物进入口腔等其他部位。
人工泪液类眼药水
玻璃酸钠滴眼液：这类眼药水主要是起到润滑眼球的作用，当儿童结膜炎伴有眼部干涩等症状时可以使用。它能为眼部补充水分，缓解不适，而且相对比较温和，儿童使用一般耐受性较好。不过如果儿童同时使用其他眼药水，要间隔一定时间再用玻璃酸钠滴眼液。聚乙烯醇滴眼液：也属于人工泪液，能改善儿童结膜炎引起的眼部干燥等情况，保持眼部的湿润环境，有助于减轻眼部的不适感，使用时要注意正确的滴药方法。