手指两侧起小水泡，可能是汗疱疹、手癣、湿疹、接触性皮炎、手足口病等原因所致，可以通过一般治疗、药物治疗的方式进行改善，建议及时就医。具体分析如下：
1.汗疱疹：可能与遗传、过敏、感染等因素有关。患者会出现手指两侧起小水泡，同时还可能伴有瘙痒、烧灼感。患者可以在医生的指导下，使用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物进行治疗。在治疗期间，患者应避免接触刺激性物质，如洗衣粉、洗洁精等。
2.手癣：由皮肤癣菌感染引起，具有传染性。患者会出现手指两侧起小水泡，还可能伴有水疱、脱屑、瘙痒等症状。患者可以在医生的指导下，使用酮康唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等药物进行治疗。在治疗期间，患者应避免与他人共用毛巾、拖鞋等物品，以免传染给他人。
3.湿疹：病因尚不明确，可能与遗传、免疫、环境等因素有关。患者会出现手指两侧起小水泡，还可能伴有红斑、丘疹、水疱、瘙痒等症状。患者可以在医生的指导下，使用糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等药物进行治疗。在治疗期间，患者应避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、生姜等。
4.接触性皮炎：是皮肤或黏膜接触某些外界物质后，在接触部位发生的炎症反应。患者会出现手指两侧起小水泡，还可能伴有红斑、肿胀、水疱、瘙痒等症状。患者可以在医生的指导下，使用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物进行治疗。在治疗期间，患者应避免接触过敏原，如花粉、动物毛发等。
5.手足口病：由肠道病毒感染引起，好发于儿童。患者会出现手指两侧起小水泡，还可能伴有口腔黏膜疱疹、发热、咳嗽等症状。患者可以在医生的指导下，使用利巴韦林气雾剂、开喉剑喷雾剂等药物进行治疗。在治疗期间，患者应避免与他人接触，以免传染给他人。
患者在治疗期间需要注意保持皮肤清洁，避免搔抓患处，以免引起感染。同时，可适当食用富含维生素的食物，如蔬菜、水果等，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、生姜等。