甲状腺结节穿刺一般风险较低，但也可能存在一些危害。总体来说，其发生严重危害的概率较低，大约在1%以下。
出血风险：
局部少量出血： 在穿刺过程中，有可能导致甲状腺局部少量出血，一般表现为穿刺部位轻度肿胀，通常无需特殊处理，多数在数天内可自行吸收。严重出血风险极低： 严重的大出血情况非常罕见，发生率低于0.1%。但如果出现颈部明显肿胀、呼吸急促等症状，需及时就医处理。
感染风险：
穿刺部位感染： 穿刺部位有发生感染的可能，不过概率很低，约为0.5%左右。一般表现为穿刺部位红、肿、热、痛。只要做好穿刺部位的清洁护理，发生感染的几率可进一步降低。全身感染几乎不会发生： 由于穿刺是相对清洁的操作，且人体自身有一定的免疫防御机制，通过正规操作，全身感染的情况几乎不会出现。
损伤周围组织风险：
损伤喉返神经： 喉返神经损伤极为罕见，发生率低于0.1%。如果损伤喉返神经，可能会出现声音嘶哑等症状，但通过规范的穿刺操作，可大大降低这种风险。损伤甲状旁腺： 穿刺损伤甲状旁腺的概率也非常低，约为0.2%以下。甲状旁腺损伤可能会导致血钙降低等问题，但一般在正规操作下很少发生。