卡氏肺孢子虫肺炎的诊断通常需要结合临床症状、影像学检查和实验室检测等多方面来进行。一般来说，通过详细的检查流程可以明确诊断。
临床症状观察
发热表现：患者可能会出现发热症状，体温多在38℃~39℃左右，也有部分患者体温可更高。呼吸道症状：会有咳嗽症状，起初可能是干咳，随后可能会有少量黏痰，严重时会出现进行性呼吸困难等表现。
影像学检查助力
胸部X线检查：早期可能表现为双侧肺门周围弥漫性浸润，逐渐发展为双侧肺野的间质性肺炎改变，呈现出磨玻璃样阴影，后期可出现肺泡实变影。胸部CT检查：对于卡氏肺孢子虫肺炎的诊断更具优势，能更清晰地显示肺部病变情况，可发现双肺弥漫性的网格状、小结节状阴影，也可能出现肺实变影，而且能更好地观察病变的分布范围等。
实验室检测手段
病原学检测：通过支气管肺泡灌洗、经皮肺穿刺活检等获取标本进行检查。例如，在支气管肺泡灌洗液中查找卡氏肺孢子虫的包囊或滋养体是重要的病原学诊断方法。一般可以通过吉姆萨染色、甲苯胺蓝染色等染色方法来观察标本中是否存在相关病原体。血清学检测：血清学检测可以检测患者体内针对卡氏肺孢子虫的抗体，如酶联免疫吸附试验等，但血清学检测一般作为辅助诊断手段，因为单纯抗体阳性不一定能确诊现症感染，还需要结合临床等其他表现综合判断。