细菌性发烧和病毒性发烧在多个方面存在区别。一般来说，细菌性发烧时白细胞总数常升高，多在10×10⁹/L以上，而病毒性发烧时白细胞总数正常或偏低，多在3-10×10⁹/L左右。
病因方面
细菌性发烧：通常是由各种细菌感染引起，比如肺炎链球菌可引发肺部感染导致发烧，大肠杆菌感染泌尿系统也会出现发烧症状。病毒性发烧：多是由各类病毒入侵所致，像流感病毒会引起流行性感冒从而导致发烧，肠道病毒感染可引发肠道相关疾病并伴随发烧情况。
症状表现
细菌性发烧：往往伴有局部感染的明显症状，例如细菌性肺炎可能有咳嗽、咳脓痰等表现，尿路感染可能出现尿频、尿急、尿痛等症状，而且发烧持续时间相对较久，体温可能较高，常超过38.5℃。病毒性发烧：症状相对更具全身性，比如流感病毒引起的发烧常伴有全身酸痛、乏力、头痛等，病毒性感冒可能有鼻塞、流涕等上呼吸道卡他症状，体温一般在38℃左右，持续时间可能在3-5天左右。
治疗方式
细菌性发烧：需要使用抗生素来治疗，比如青霉素类的阿莫西林，它能抑制细菌细胞壁的合成从而杀灭细菌；头孢菌素类的头孢克肟，通过干扰细菌细胞壁合成发挥抗菌作用。但使用抗生素需要根据细菌培养和药敏试验来合理选择，避免滥用。病毒性发烧：一般以对症治疗和抗病毒治疗为主，对症治疗如使用退烧药对乙酰氨基酚来降低体温，抗病毒治疗可使用利巴韦林等抗病毒药物，但病毒性感染大多有自限性，一般病程在1周左右，病情较轻的可能仅需休息、多饮水等一般治疗就能恢复。