神经精神障碍的治疗目前大致有四种:病因治疗、对症处理精神症状、心理治疗和物理治疗。病因治疗用于可找到明确生物学致病因素的神经精神障碍，比如脑肿瘤、脑外伤、中枢神经系统感染、躯体疾病导致的神经精神障碍等。
对症治疗精神症状主要是应用精神药物，如抗精神病药物(舒必利、氯丙嗪、奥氮平、喹硫平、利培酮等)、抗抑郁剂(多塞平、曲唑酮、帕罗西汀、西酞普兰等)、心境稳定剂(碳酸锂、丙戊酸钠等)、抗焦虑药(地西泮、阿普唑仑、丁螺环酮、坦度螺酮等)等，还有无抽搐电痉挛治疗。
心理治疗有认知治疗、行为疗法、精神分析、支持性心理治疗等。物理治疗有经颅磁刺激、生物反馈治疗等。