阴茎长小肉粒的原因主要有以下两种：
1.珍珠状阴茎丘疹：这是一种发生在阴茎冠状边缘的丘疹，属于一种良性病症。可能与包皮过长、局部卫生状况差、冠状沟分泌物及污垢的长期刺激有关。损害主要表现为阴茎冠状边缘与冠状沟交界处出现的珍珠状、半透明丘疹，一般为白色、黄色或红色，丘疹互不融合，沿龟头后缘冠状沟排列一行或数行。珍珠状阴茎丘疹一般无自觉症状，常在不知不觉中发现，不会对健康造成影响，也不会通过性交感染和传播。如果患者有治疗需求，可通过激光治疗、冷冻疗法等方法去除损害。
2.尖锐湿疣：这是一种由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。主要通过性接触传播，少数情况下也可通过间接接触传播。尖锐湿疣通常表现为外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区出现的丘疹、角化型斑块、乳头样或菜花样赘生物，可有瘙痒、灼痛或性交后疼痛等不适。尖锐湿疣可逐渐增大、增多，可融合成乳头状、菜花状或鸡冠状增生物，根部可有蒂，疣体表面呈白色、污灰色或粉红色。如果怀疑感染了尖锐湿疣，应及时就医，进行相关检查和治疗。治疗方法包括物理治疗、外用药物治疗、系统治疗等。