消化系统方面的副作用
冬虫夏草可能会对消化系统产生影响，有部分人食用后可能出现消化不良的情况，表现为腹胀、食欲减退等。这是因为冬虫夏草中的某些成分可能会干扰胃肠道的正常消化功能。对于本身就有胃肠道基础疾病的人群，如患有胃炎、胃溃疡等疾病的人，食用冬虫夏草后可能会加重原有病情，导致腹痛、反酸等症状加重。例如，有研究发现长期大量食用冬虫夏草的人群中，出现消化系统不适症状的比例相对较高。
神经系统方面的副作用
少数人食用冬虫夏草后可能会出现神经系统的相关反应，比如头痛。这可能与冬虫夏草中的某些活性成分对神经系统的刺激有关。对于有神经系统疾病病史的人群，如偏头痛患者，食用冬虫夏草后可能会诱发头痛发作或使头痛症状加重。因为神经系统疾病患者的神经敏感性相对较高，冬虫夏草中的成分可能会触发神经的异常反应。
心血管系统方面的副作用
目前虽没有大量普遍的证据表明冬虫夏草会直接对心血管系统造成严重副作用，但个别人食用后可能出现血压波动的情况。对于本身有高血压、冠心病等心血管疾病的人群，食用冬虫夏草后可能会影响血压的稳定，导致血压忽高忽低，增加心血管事件发生的风险。例如，有高血压患者在食用冬虫夏草后，血压监测显示较之前有明显波动，可能与冬虫夏草中的成分对血管的作用有关。
过敏反应方面的副作用
部分人可能对冬虫夏草过敏，食用后会出现过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹、红斑等，严重的可能会出现呼吸困难等过敏休克症状。对于有过敏体质的人群，包括对其他动植物过敏的人，食用冬虫夏草时需要格外谨慎，因为过敏体质者接触到冬虫夏草中的过敏原物质后，更容易发生过敏反应。一旦出现过敏症状，应立即停止食用，并及时就医进行抗过敏治疗。
特殊人群的注意事项
儿童：儿童的身体机能尚未发育完全，对冬虫夏草等补品的耐受性和代谢能力与成人不同。目前不建议儿童食用冬虫夏草，因为其可能带来的未知风险无法确保对儿童是安全的，且儿童的消化系统、神经系统等相对脆弱，更容易受到冬虫夏草成分的影响而出现各种不适症状。
孕妇：孕妇属于特殊人群，食用冬虫夏草可能会对胎儿产生影响。目前缺乏足够的科学研究证明孕妇食用冬虫夏草是绝对安全的，为了避免可能存在的潜在风险，孕妇不建议食用冬虫夏草。
有基础疾病的人群：如患有肝肾功能不全的患者，由于其肝肾功能已经受损，对药物或食物中成分的代谢和解毒能力下降，食用冬虫夏草后，其中的成分可能无法正常代谢，在体内蓄积，加重肝肾功能的负担，导致病情恶化。所以这类人群食用冬虫夏草需要在医生的严格评估和指导下谨慎进行，并且要密切监测肝肾功能指标的变化。