全身乏力、头痛可以见于多种疾病，例如血压明显增高、严重贫血、甲状腺功能低下，或者严重的消化不良、营养不良、恶液质、恶性肿瘤等都可以造成全身乏力、头痛，应该进行全面检查。
此外，中枢神经系统疾患也可以出现全身乏力、头痛，如蛛网膜下腔出血，还有各种致病菌诱发的脑炎。但是这类患者可能常合并有其他症状和体征，应该完善头颅CT或者磁共振检查，必要时行腰穿检查。
全身乏力、头痛还可能是由于功能性疾患造成的，与休息不好、过度劳累、熬夜、睡眠不足等因素有关，或者与过度紧张、焦虑、抑郁等心理、精神因素有关，对于这类患者采用对症治疗都能缓解。