宝宝EB病毒感染后少数可能会有后遗症，比如传染性单核细胞增多症的患儿，部分可能会出现疲劳持续数月等情况。一般EB病毒感染多数预后良好，但少数会有一些潜在问题。
EB病毒感染后可能出现的神经系统后遗症
中枢神经系统受累： 少数宝宝感染EB病毒后可能出现中枢神经系统的问题，比如脑炎。有研究显示，约1% - 2%的EB病毒感染儿童会发生中枢神经系统并发症，表现为头痛、呕吐、意识障碍等。外周神经系统受累： 也可能出现外周神经病变，如格林 - 巴利综合征，不过相对比较罕见，可能会导致宝宝肢体无力等情况。
EB病毒感染后血液系统方面的后遗症
慢性活动性EB病毒感染： 这是一种比较少见但严重的后遗症情况，宝宝会出现长期发热、肝脾肿大、全血细胞减少等表现，发病机制可能与机体免疫调节异常有关。噬血细胞淋巴组织细胞增多症： 这是EB病毒感染相关的严重血液系统并发症，属于非常凶险的后遗症，会导致宝宝出现持续高热、肝脾肿大、血细胞减少等，若不及时治疗，预后很差。
EB病毒感染后其他系统可能出现的后遗症
心血管系统后遗症： 极少数宝宝感染EB病毒后可能出现心肌炎等心血管系统问题，表现为心悸、胸闷等，不过相对发生率较低。消化系统后遗症： 个别宝宝可能会有长期的肝功能异常等消化系统方面的遗留问题，比如转氨酶持续轻度升高，可能需要较长时间观察和随访肝功能情况。需要注意的是，大多数EB病毒感染的宝宝预后良好，出现后遗症的情况相对较少，但一旦发现宝宝有异常表现，如长时间发热不退、精神差、肢体活动异常等，要及时就医，进行相关检查，以便早期发现可能出现的后遗症并及时干预。