灰指甲治疗药物的选择需根据病情等因素而定，常用药物有抗真菌药物。
一、口服抗真菌药
特比萘芬是常见的口服抗真菌药，对皮肤癣菌、霉菌等有抑制作用，可用于治疗灰指甲。它能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌功效。不过，肝功能不全者需谨慎使用，因为药物主要通过肝脏代谢。
二、外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂也可用于灰指甲治疗，它能干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，起到抑菌杀菌作用。但外用药物渗透力相对有限，对于病情较严重的灰指甲，单独使用效果可能欠佳，一般适用于轻度灰指甲或作为口服药的辅助治疗。
三、联合治疗情况
对于病情较为严重、单个指甲受累面积大等情况，可能会采用口服药联合外用药物的治疗方式。例如口服特比萘芬联合阿莫罗芬搽剂，口服药从内部抑制真菌生长，外用药从外部进一步杀灭残留真菌，提高治疗效果。不过，具体治疗方案需由医生根据患者的具体病情，如灰指甲的严重程度、患者的年龄、肝肾功能等多方面因素来制定。
四、特殊人群需谨慎
孕妇和哺乳期女性使用抗真菌药物需格外谨慎，因为部分药物可能会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿健康。儿童使用抗真菌药物也需严格遵循医生指导，由于儿童肝肾功能发育尚未完全成熟，药物代谢和耐受能力与成人不同，不当用药可能会对儿童身体造成不良影响。