小儿阴茎短小是否严重需分情况看。
生理性短小
部分小儿阴茎短小可能是生理性的，比如年龄较小的婴幼儿，其阴茎尚未完全发育成熟，随着年龄增长有自然发育的可能，这种情况相对不严重，但需密切观察发育进程。
病理性短小
若因内分泌疾病等病理性因素导致的阴茎短小则较为严重。例如垂体功能减退等内分泌异常情况，会影响性激素分泌，进而阻碍阴茎正常发育，可能对日后生殖功能等产生不良影响。
肥胖导致的相对短小
有些肥胖小儿会因耻骨联合部脂肪堆积，造成阴茎外观短小，但这并非真正的阴茎短小，通过控制体重、增加运动等方式，阴茎可恢复正常外观，这种情况相对不严重，但也需关注体重管理。
先天性发育异常导致的短小
如先天性阴茎发育畸形等先天性发育异常引起的阴茎短小，可能会对小儿的心理、生殖等多方面造成严重影响，需要及时就医评估并采取相应干预措施。