早上起床吞口水喉咙痛，可能是以下原因引起的：
1.急性咽炎：
病毒或细菌感染：上呼吸道感染、流感等病毒感染，或链球菌、葡萄球菌等细菌感染，可导致急性咽炎，引起喉咙痛。
环境因素：干燥、多尘、烟雾等环境，或过度用嗓，可刺激喉咙，引起疼痛。
过敏：对空气中的过敏原（如花粉、灰尘、宠物毛发等）过敏，可导致喉咙发炎、疼痛。
2.扁桃体炎：
细菌感染：主要是由乙型溶血性链球菌感染引起，其次为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等。
其他因素：扁桃体隐窝内细菌和毒素被吸收后，可导致全身反应，出现消化不良、头痛、乏力、低热等症状。
3.其他原因：
外伤：如鱼刺、鸡骨等异物划伤喉咙，或剧烈呕吐、吞咽导致喉部受伤，可引起喉咙痛。
反流性食管炎：胃酸反流刺激喉咙，可引起喉咙痛，常伴有烧心、反酸等症状。
需要注意的是，如果喉咙痛持续时间较长或伴有其他症状（如发热、吞咽困难、呼吸困难等），建议及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。同时，在喉咙痛期间，应避免吸烟、饮酒，少吃辛辣、刺激性食物，多喝水，保持喉咙湿润。