单磷酸阿糖腺苷的副作用主要包括以下几个方面：
1.全身反应：寒战、发热、头痛等。
2.皮肤及其附件：皮疹。
3.消化系统：恶心、呕吐、腹痛等。
4.神经系统：头晕、嗜睡、抽搐等。
5.注射部位：疼痛、红肿等。
需要注意的是，使用单磷酸阿糖腺苷可能会引起严重的过敏反应，甚至危及生命。因此，在使用前必须详细询问患者的过敏史，对本品过敏者禁用。此外，该药物对肝功能有一定影响，肝功能不全者慎用。孕妇及哺乳期妇女慎用。儿童使用本品的安全性和有效性尚未确立，应权衡利弊后决定是否使用。
总之，单磷酸阿糖腺苷是一种有效的抗病毒药物，但在使用过程中需要密切观察患者的反应，如有不适及时停药并进行相应处理。同时，应严格按照医生的建议使用，避免自行增减剂量或使用其他药物。