多重耐药菌感染主要通过接触传播、飞沫传播和空气传播等方式进行传播。一般来说，接触传播是比较常见的传播途径，比如在医院环境中，医护人员的手如果接触到携带多重耐药菌的患者或被污染的物品，再接触其他患者就可能导致传播，有研究表明医院内约60%的多重耐药菌传播与医护人员的手卫生不规范有关。
接触传播：
医护人员操作接触：医护人员在对多重耐药菌感染患者进行诊疗护理操作时，如未严格遵循手卫生规范，手上沾染的病菌就可能传播给其他患者。例如为一位耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）感染患者换药后，未规范洗手就去接触其他患者，就可能造成传播。患者间直接接触：患者之间如果有直接的身体接触，也可能导致多重耐药菌的传播。比如在病房中，患者之间近距离接触，病菌可能通过皮肤接触等方式进行传播。
飞沫传播：
咳嗽、打喷嚏产生飞沫：当多重耐药菌感染患者咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病菌的飞沫，周围的人吸入这些飞沫就有可能被感染。例如一个携带肺炎克雷伯菌多重耐药菌株的患者咳嗽，周围近距离的人吸入其喷出的飞沫后，就有被感染的风险。飞沫沉积传播：飞沫中的病菌可能会沉积在周围的物体表面，其他人接触到被污染的物体表面后，再接触自己的口、鼻等黏膜部位，也可能引发感染。
空气传播：
在特定环境中传播：在一些通风不良的环境中，含有多重耐药菌的微小颗粒可能会长时间悬浮在空气中，随着空气流动传播到较远的地方。比如在没有良好空气净化设施的重症监护病房，如果有多重耐药菌感染患者，空气中可能会存在病菌颗粒，其他患者吸入后就可能被感染。气溶胶传播风险：在进行某些操作时，如吸痰等，可能会产生含有多重耐药菌的气溶胶，气溶胶中的病菌可以在空气中较长时间存活并传播。