房间隔缺损介入手术相对安全，但也可能存在一些后遗症。一般来说，其发生后遗症的概率较低，约在5%左右，但具体情况因人而异。
一、心脏相关后遗症
心律失常： 少数患者可能出现心律失常，如早搏等。一般术后通过动态心电图监测，轻度的心律失常可能会逐渐自行恢复，严重的可能需要药物等进一步干预。心脏传导阻滞： 比较罕见，但也有发生的可能，轻度的心脏传导阻滞可能对心脏功能影响不大，严重的可能需要安装心脏起搏器来维持正常心律。
二、血管相关后遗症
血管并发症： 介入手术需要通过血管穿刺，可能出现血管相关问题，比如穿刺部位的血肿，一般小的血肿可以自行吸收，大的血肿可能需要压迫等处理；另外，少数患者可能出现血管内膜损伤，不过这种情况相对较少见，通过术后观察一般能较好恢复。
三、感染相关后遗症
感染： 虽然几率很低，但仍有发生感染的可能，包括穿刺部位的感染或者心内膜感染等。如果发生感染，需要使用抗生素进行抗感染治疗，严重的感染可能会影响手术效果甚至危及生命。
四、其他可能后遗症
残余分流： 极少数患者可能存在残余分流情况，也就是房间隔缺损没有完全闭合，可能需要进一步评估是否需要再次治疗。不过大多数残余分流较小的患者可能不会有明显症状，可定期复查心脏超声观察分流情况变化。