体温忽高忽低可能由多种原因引起。比如感染性因素，像细菌、病毒等病原体感染人体后，会引发免疫系统反应，导致体温调节紊乱，出现体温波动。另外，自身免疫性疾病也可能造成这种情况，免疫系统错误攻击自身组织，影响体温调节机制。还有内分泌失调，例如甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，机体代谢加快，体温容易波动。此外，环境因素也可能导致，长时间处于温度变化较大的环境中，人体体温调节一时难以适应，也会出现忽高忽低的情况。
感染性因素导致
当细菌或病毒等病原体侵入人体，人体免疫系统被激活，会释放致热物质，作用于体温调节中枢，使体温升高。但由于病原体数量、人体免疫反应强度等因素变化，体温就会出现波动。例如流感病毒感染，患者初期可能高热，随后体温可能有所下降但又会反复升高。
自身免疫性疾病影响
像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，免疫系统错误识别自身组织为外来异物进行攻击，炎症反应会干扰体温调节中枢的正常功能，从而导致体温不稳定，出现忽高忽低的现象。这类患者除了体温问题，往往还会有其他自身免疫相关症状。
内分泌失调作用
以甲状腺功能亢进为例，甲状腺激素分泌过多，机体代谢率增高，产热增加，体温会偏高，但由于激素水平波动以及身体对代谢变化的适应过程，体温就会出现波动情况。患者可能还伴有多汗、心慌等症状。
环境因素干扰
如果长期处于温度频繁变化的环境中，比如在季节交替时没有及时增减衣物，人体体温调节系统需要不断适应环境温度变化，就容易出现体温忽高忽低的状况。例如从寒冷室外进入温暖室内，体温可能先有变化，之后又因环境改变再次波动。