小孩半夜发烧的原因有多种，其中最常见的是感染因素，比如病毒感染，像流感病毒等引起的感染，有数据显示儿童呼吸道病毒感染中，约30% - 50%会导致发烧，尤其在季节交替时更易发生；细菌感染也是常见原因，如肺炎链球菌等引起的感染也会让小孩半夜发烧。
一、感染性因素
1. 病毒感染： 很多病毒都会引发小孩发热。像鼻病毒，它是引起普通感冒的常见病原体之一，小孩感染后除了鼻塞、流涕外，常常会伴有发热，体温可能在38℃ - 39℃左右，多在半夜时体温升高明显。还有肠道病毒，比如柯萨奇病毒，感染后可能导致手足口病，除了手、足、口出现疱疹外，也会有发热症状，半夜发烧也较为常见。2. 细菌感染： 常见的有肺炎链球菌引起的肺炎，小孩患肺炎时，除了咳嗽、咳痰等症状，往往会有高热，体温可达39℃以上，而且夜间体温容易升高。还有化脓性扁桃体炎，多由A组乙型溶血性链球菌感染引起，小孩会出现咽痛、扁桃体红肿化脓，同时伴有发热，半夜体温可能攀升。
二、非感染性因素
1. 自身免疫性疾病： 例如幼年特发性关节炎，这是儿童时期常见的风湿性疾病，病因尚不明确，小孩会出现长期反复发热，体温波动较大，夜间也可能发热，同时还可能有关节肿胀、疼痛等表现。2. 环境因素： 如果小孩睡觉时穿着过多、盖被过厚，会影响散热，导致体温升高，尤其是在半夜时，这种情况引起的发烧，体温一般不会太高，调整环境温度和衣物后，体温多能下降。还有中暑，在炎热的夏天，如果小孩长时间处于高温环境中，半夜也可能出现中暑引起的发热，同时可能伴有口渴、乏力等症状。3. 其他： 像白血病等血液系统疾病，也会导致小孩反复发热，半夜也可能发烧，通常还会伴有贫血、皮肤瘀斑等表现。另外，接种疫苗后也可能出现发热反应，一般在接种后的1 - 2天内出现，半夜也可能发烧，体温多在38℃以下，属于轻度发热，一般1 - 2天可自行缓解。