三个月宝宝大便有粘液，可能是以下原因引起：
1.正常情况：
母乳喂养：宝宝大便通常呈黄色或金黄色，较稀，有时会有一些粘液，这是正常的。母乳中含有前列腺素，可促进胃肠蠕动，有助于消化，偶尔会出现一些颗粒状的粘液。
配方奶喂养：如果宝宝对配方奶中的蛋白质消化不良，也可能会出现大便有粘液的情况。
2.异常情况：
肠道感染：如果宝宝大便中有粘液，同时伴有腹泻、呕吐、发热等症状，可能是肠道感染引起的。常见的病原体有细菌、病毒、寄生虫等。
过敏：如果宝宝对牛奶蛋白或其他食物过敏，也可能会出现大便有粘液的情况。此外，还可能伴有皮疹、腹泻、呕吐等症状。
肠道炎症：如果宝宝肠道受到炎症刺激，如肠炎、痢疾等，也可能会出现大便有粘液的情况。
其他：宝宝肠道功能不完善、乳糖不耐受、肠道息肉等也可能会导致大便有粘液。
如果宝宝大便有粘液，同时伴有其他异常症状，建议及时就医，进行相关检查，如大便常规、血常规、肠镜等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。此外，在就医前，家长应注意保持宝宝的臀部清洁，避免感染。
需要注意的是，由于宝宝的年龄较小，身体抵抗力较弱，因此对于大便异常的情况，家长应引起重视，及时就医，以免延误病情。