早上嘴苦可能由多种原因引起，比如口腔问题，像口腔清洁不到位，经过一晚上的细菌滋生，就可能导致早上嘴苦，有研究发现约10% - 25%的口苦患者与口腔卫生不良相关。
口腔因素导致
牙齿问题：龋齿、牙龈炎等口腔疾病会引发嘴苦。比如龋齿里有食物残渣残留，经过细菌发酵，就会产生异味，导致早上嘴苦。一般有龋齿的人，口腔内细菌数量比正常情况多3 - 5倍。口腔卫生习惯：不按时刷牙、饭后不漱口等不良习惯，会让食物残渣在口腔内堆积，经过一夜发酵，早上就容易嘴苦。建议每天至少刷牙2次，每次刷牙时间不少于3分钟。
胃肠道问题引发
胆汁反流：当幽门括约肌功能失调时，胆汁会反流进入胃，再反流入口腔，就会造成早上嘴苦。有胆汁反流性胃炎的患者中，约60%会出现早上嘴苦的情况。消化不良：晚餐吃得过多、过油腻，会加重胃肠道负担，导致消化不良，食物在胃肠内停留时间过长，发酵产生异味，也可能引起早上嘴苦。通常消化不良的人，胃肠蠕动速度比正常人慢1/3左右。
其他系统问题导致
肝胆疾病：胆囊炎、胆结石等肝胆疾病会影响胆汁的分泌和排泄，从而导致早上嘴苦。比如胆囊炎患者中，约40%会有早上嘴苦的症状。内分泌紊乱：糖尿病患者血糖控制不佳时，可能会出现嘴苦的情况；甲状腺功能亢进的人，由于代谢加快，也可能出现早上嘴苦现象。糖尿病患者如果血糖长期控制不好，出现口苦的概率比血糖控制良好者高2倍。