败毒散的主要作用是散寒祛湿，益气解表。
中医认为，人体感受外邪后，会导致肺气失宣、正邪相争，从而出现恶寒、发热、头痛、肢体酸痛、无汗、咳嗽、鼻塞声重、舌苔白腻、脉浮等症状。败毒散中的羌活、独活能够祛风胜湿、散寒止痛，柴胡、前胡能够疏风解表、宣肺止咳，川芎能够活血行气、祛风止痛，茯苓能够健脾渗湿、宁心安神，枳壳能够理气宽中、行滞消胀，桔梗能够祛痰利咽、排脓，人参能够大补元气、补脾益肺、生津养血、安神益智，甘草能够补脾益气、清热解毒、祛痰止咳、缓急止痛、调和诸药。诸药合用，共奏散寒祛湿、益气解表之功。
现代药理研究表明，败毒散具有解热、抗炎、镇痛、抗病毒、提高免疫力等作用。因此，败毒散在临床上主要用于治疗风寒感冒、流感、上呼吸道感染、急性支气管炎等疾病，症见恶寒发热、头痛身痛、鼻塞流涕、咳嗽、舌苔白腻等。
需要注意的是，败毒散虽然是一种常用的中药方剂，但并不是所有人都适合服用。例如，风热感冒者、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者等，应在医生的指导下服用。此外，服用败毒散期间，应避免食用辛辣、油腻、生冷等食物，以免影响药效。如果服用后出现不适症状，应及时停止服用并就医。