三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是正常的生理现象，也可能是某些疾病的表现，一般不会直接影响智力，但如果是疾病引起的，可能会对宝宝的健康产生影响。
宝宝睡觉摇头的原因可能有以下几种：
1.生理原因：宝宝的神经系统尚未发育完全，可能会出现一些无意识的动作，包括摇头。此外，宝宝的头部容易出汗，如果头部不透气，也会让宝宝感到不舒服，从而出现摇头的现象。
2.环境因素：如果宝宝睡觉的环境温度过高、过低，或者周围环境嘈杂，也可能会影响宝宝的睡眠，导致宝宝出现摇头的情况。
3.皮肤问题：如果宝宝头部或颈部有湿疹、痱子等皮肤问题，也会让宝宝感到瘙痒，从而出现摇头的现象。
4.缺钙：如果宝宝缺钙，也可能会出现多汗、烦躁、摇头等症状。
如果宝宝只是偶尔出现睡觉摇头的情况，且没有其他异常表现，一般不需要过于担心。但如果宝宝经常出现睡觉摇头的情况，或者伴有多汗、烦躁、夜惊、方颅等症状，可能是缺钙或其他疾病引起的，需要及时带宝宝去医院就诊，明确原因，并进行相应的治疗。
总之，三个月的宝宝睡觉老是摇头，需要家长密切观察，如果伴有其他异常表现，应及时带宝宝去医院就诊，以确保宝宝的健康。