儿童自闭症的病因目前尚未完全明确，但研究发现多种因素可能与之相关。有研究表明，遗传因素在儿童自闭症的发病中占有重要地位，大约70% - 90%的自闭症儿童存在遗传方面的异常。
遗传因素方面
基因层面：多个基因的突变或变异可能增加自闭症的发病风险。例如，一些与神经发育相关的基因，如SHANK3基因等，若发生突变，就可能导致儿童出现自闭症的相关症状。而且这种遗传倾向具有一定的家族聚集性，如果家族中有自闭症患者，那么其他家庭成员患自闭症的概率会比普通人群高很多。染色体异常：某些染色体的异常也与自闭症有关。比如21 - 三体综合征（唐氏综合征）患者，同时患自闭症的概率明显高于正常人群。据统计，唐氏综合征患儿中约有10% - 30%会出现自闭症样表现。
环境因素方面
孕期环境因素：母亲在孕期的一些不良因素会影响胎儿的神经发育，增加儿童患自闭症的风险。孕妇在孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可能通过胎盘影响胎儿的神经系统发育，从而导致儿童自闭症的发生。另外，孕妇在孕期接触大量的有害物质，如铅、汞等重金属，也可能对胎儿神经发育产生不良影响，提高孩子患自闭症的几率。早期环境刺激不足：儿童在早期成长过程中，如果所处的环境刺激过于匮乏，也可能增加自闭症的发病风险。例如，孩子成长过程中缺乏足够的社交互动、语言刺激等。长期处于这样的环境中，可能会影响孩子的神经发育，使得大脑的一些功能发育受到阻碍，进而引发自闭症相关的症状。
神经生物学因素方面
大脑结构异常：自闭症儿童的大脑在结构上往往存在一些异常。例如，大脑中的某些区域，如额叶、颞叶等的体积可能与正常儿童不同。研究发现，自闭症儿童的额叶体积可能偏小，而颞叶相关结构也可能存在发育异常。这些大脑结构的异常会影响大脑的正常功能，导致儿童出现社交障碍、沟通困难等自闭症的典型症状。神经递质失衡：神经递质在大脑的神经信号传递中起着重要作用。自闭症儿童体内的神经递质，如5 - 羟色胺、多巴胺等可能存在失衡的情况。例如，5 - 羟色胺水平异常可能影响儿童的情绪调节和社交行为，多巴胺水平的改变可能与儿童的兴趣狭窄、重复刻板行为等相关。