嗜血综合征患者的存活时间差异较大，部分患者经过积极治疗可能存活数年甚至长期生存，而有些患者预后较差，可能在数月内病情恶化。
发病类型与预后
原发性嗜血综合征： 儿童中原发性嗜血综合征相对多见，部分患儿经过造血干细胞移植等治疗，有一定的存活希望，但预后受病情严重程度等影响。比如一些低危的原发性儿童嗜血综合征患者，经过规范治疗后有较长生存可能。继发性嗜血综合征： 如果是由感染等良性疾病引发的继发性嗜血综合征，在控制原发病后，部分患者能长期存活。但若是由恶性肿瘤等严重疾病导致的继发性嗜血综合征，预后相对较差。
治疗方式影响
造血干细胞移植： 对于合适的患者，造血干细胞移植是可能治愈嗜血综合征的重要手段。但移植也有一定风险，如移植相关并发症等，但成功移植的患者存活时间会明显延长，部分人能长期生存，和正常人一样生活。药物治疗： 通过使用免疫抑制剂等药物控制病情，部分患者病情能得到缓解，存活时间延长。不过药物治疗需要长期维持，且可能存在药物不良反应等问题，患者存活时间因个体对药物的反应不同而有差异。
病情严重程度相关
轻症患者： 病情较轻的嗜血综合征患者，经过及时有效的治疗，比如控制感染、调整免疫等治疗后，病情能得到很好的控制，存活时间较长，有的可以存活数年甚至数十年，生活质量也能得到较好保障。重症患者： 病情严重的嗜血综合征患者，如出现多脏器功能衰竭等情况，预后极差，可能在数月内病情急剧恶化导致死亡。