三个月宝宝偶尔咳两声可能是正常的生理现象，也可能是疾病的表现。以下是一些可能的原因和治疗方法：
1.生理原因：
空气干燥：宝宝的呼吸道比较敏感，空气干燥可能会刺激呼吸道，引起咳嗽。可以使用加湿器增加空气湿度。
吞咽口水：三个月的宝宝唾液分泌增多，但吞咽功能尚未完全发育，可能会导致口水呛入气管，引起咳嗽。这种咳嗽通常是短暂的，无需特殊处理。
呛奶：喂奶时如果宝宝吞咽过快或过多，可能会呛奶，引起咳嗽。喂奶后应及时拍嗝，帮助宝宝排出胃内气体。
2.病理原因：
感冒：宝宝可能会因为着凉或感染病毒而患上感冒，出现咳嗽、流涕、鼻塞等症状。如果症状不严重，可以多喝水，注意保暖。如果症状严重或持续时间较长，应咨询医生并根据医生的建议进行治疗。
肺炎：肺炎是婴儿时期常见的疾病，除了咳嗽外，还可能伴有发热、呼吸急促、喘息等症状。如果怀疑宝宝患有肺炎，应及时就医，进行相关检查和治疗。
过敏：宝宝可能对某些物质过敏，如尘螨、花粉、动物毛发等，引起咳嗽。应尽量避免接触过敏原，并咨询医生是否需要使用抗过敏药物。
其他：百日咳、肺结核等疾病也可能导致宝宝咳嗽。如果宝宝咳嗽持续时间较长或伴有其他异常症状，应及时就医，进行详细的检查和诊断。
需要注意的是，对于三个月的宝宝，咳嗽可能是一种危险的信号，因为他们的咳嗽反射还不够完善，无法有效地咳出痰液，容易导致痰液积聚，引发肺炎等并发症。因此，如果宝宝咳嗽频繁或伴有其他异常症状，应及时就医，以便早期诊断和治疗。
在治疗宝宝咳嗽时，应遵循医生的建议，不要自行给宝宝使用药物。同时，要注意保持宝宝的呼吸道湿润，多喝水，避免烟雾等刺激物。如果宝宝咳嗽严重或持续时间较长，应及时就医，以便早期诊断和治疗。