扁桃体切除后可能存在一些潜在危害，比如术后出血是较常见的情况，一般发生率在1%~5%左右。另外还可能出现感染风险，若术后护理不当，伤口可能受到细菌等病原体侵袭引发感染。
术后出血方面
早期出血： 通常发生在术后24小时内，多与手术操作中止血不彻底有关。如果术中止血钳夹得不够牢固，或者结扎线松脱等，就可能导致术后早期出血。表现为唾液中带血丝，如果出血较多则会有鲜血吐出，严重时可能会引起呼吸道梗阻。晚期出血： 一般在术后1~2周左右，可能是因为白膜脱落等原因导致出血。白膜是术后在扁桃体创面上形成的一层膜状物，当白膜脱落时如果损伤了 underlying blood vessels（ underlying血管）就可能引起出血。
感染相关危害
局部感染： 术后口腔卫生不佳时，容易滋生细菌。比如患者没有按照要求进行口腔清洁，食物残渣残留易导致局部感染，出现创面红肿、疼痛加重、有脓性分泌物等症状。严重时感染可能扩散，引起颈部淋巴结炎等。全身感染： 感染如果没有得到有效控制，可能会引发全身症状，像发热，体温可能会升高至38℃以上，还可能伴有乏力、食欲减退等全身不适表现，甚至可能导致败血症等严重情况，但这种情况相对较少见。
对免疫功能的影响
短期影响： 扁桃体是人体免疫系统的一部分，在儿童时期尤其重要。扁桃体切除后，短期内可能会使局部的免疫防御功能有所下降。不过人体的免疫系统是一个复杂的整体，其他免疫器官会逐渐发挥代偿作用。一般来说，儿童在术后几个月到1年内，免疫功能可以逐渐调整，但可能在这段时间内相对更容易发生上呼吸道感染等情况。长期影响： 对于成人来说，扁桃体切除后对免疫功能的影响相对儿童较小。但也有研究认为，长期来看，扁桃体切除可能会在一定程度上影响局部黏膜相关的免疫监视功能，但通常不会导致严重的免疫缺陷等问题，因为人体还有其他完善的免疫机制来维持整体的免疫平衡。