肛瘘手术会有一定的疼痛，但可以通过麻醉和药物缓解。
肛瘘手术的疼痛程度因人而异，主要与肛瘘的严重程度、手术方式、个体对疼痛的敏感度等因素有关。一般来说，肛瘘手术会在麻醉下进行，包括局部麻醉和全身麻醉，以减轻手术过程中的疼痛。手术后，医生还会根据患者的情况给予止痛药，以缓解疼痛。
此外，患者在手术后需要注意休息，保持肛门周围的清洁，避免剧烈运动和长时间久坐，以促进伤口愈合。同时，按照医生的建议进行饮食调整，避免食用辛辣、刺激性食物，也有助于减轻疼痛。
需要注意的是，肛瘘手术是一种较为复杂的手术，需要在专业医生的指导下进行。患者在手术前应与医生充分沟通，了解手术的风险和注意事项，并做好手术前后的准备工作。如果患者在手术后出现剧烈疼痛、出血等异常情况，应及时就医。