囊肿和肿瘤有着明显区别。囊肿一般是良性的，多为液性的包块；肿瘤有良性和恶性之分，包含实性等不同性质。
从本质特征区分
囊肿：通常是一种良性的囊性结构，里面多是液体或类似液体的物质。比如卵巢囊肿，很多是生理性的，直径一般小于5厘米，多数可自行消失。肿瘤：分为良性肿瘤和恶性肿瘤。良性肿瘤生长相对缓慢，与周围组织界限清楚；恶性肿瘤生长较快，容易侵犯周围组织，还可能发生转移。像肝血管瘤是常见的良性肿瘤，而肝癌则是恶性肿瘤。
从影像学表现区分
囊肿：在影像学检查中，比如B超、CT等，表现为边界清晰的圆形或椭圆形低回声或低密度影，内部透声好。例如肾囊肿，超声下可见肾脏内圆形无回声区，边缘光滑。肿瘤：良性肿瘤在影像上边界多规整，恶性肿瘤边界常不清，且可能有浸润表现。比如肺良性肿瘤，CT显示肿块边界清楚；肺癌在CT上常表现为边缘有毛刺的肿块，还可能有纵隔淋巴结转移等情况。
从治疗方式区分
囊肿：较小的无症状囊肿可能观察随访，不用特殊治疗。如果囊肿较大，压迫周围组织，可考虑穿刺抽液或者手术切除。比如肝囊肿，直径大于5厘米且有症状时，可进行穿刺引流。肿瘤：良性肿瘤一般手术切除即可，预后较好。恶性肿瘤则需要综合治疗，如手术、化疗、放疗等。例如乳腺癌，早期可手术切除，中晚期可能需要在手术基础上结合放化疗等。