产前超声检查有一定局限性，并非能查出所有畸形。
一、无法检出所有软指标异常
一些软指标异常，如脉络丛囊肿等，部分会随孕周增加自行消失，超声可能难以精准判定其后续发展及是否真正导致严重问题，不能完全依靠超声检出所有此类情况。
二、受胎儿体位等因素限制
胎儿体位不合适会影响某些部位观察，比如胎儿面部，若处于遮挡状态，就可能无法清晰显示面部结构以排查是否存在畸形，这受胎儿在子宫内姿势等多种因素制约。
三、某些微小畸形易被遗漏
对于极微小的结构畸形，受超声分辨率等影响，有可能未能准确发现，尤其是一些在孕早期或结构较隐匿的微小畸形。
四、染色体相关畸形存在检测局限
超声主要观察结构形态，对于染色体异常相关的一些畸形，单纯超声可能不能直接明确，还需结合其他检查如唐筛、无创 DNA 或羊水穿刺等综合判断。
孕妇在孕期应按照医生建议规范进行产前超声检查及其他相关检查，充分了解检查的局限性，以更好地保障胎儿健康状况的全面评估。