早晨起床喉咙有黄痰，可能是多种原因引起的。比如，当人体受到细菌感染时，呼吸道黏膜会分泌更多的黏液，其中的白细胞等与细菌战斗后死亡，混合在黏液中就形成了黄痰。一般来说，这种情况多与上呼吸道感染、慢性支气管炎等有关。
上呼吸道感染导致
病毒性感染后继发细菌感染： 很多上呼吸道感染初期是病毒引起的，像普通感冒，开始可能是清痰，但如果3 - 5天症状没缓解，反而出现黄痰，往往是合并了细菌感染。这是因为病毒破坏了呼吸道黏膜的防御屏障，细菌趁机入侵繁殖，刺激呼吸道分泌更多含有炎性细胞等成分的黄痰。炎症刺激分泌增多： 上呼吸道感染时，咽喉部及气管等部位的炎症会使局部血管通透性增加，血浆等渗出，加上炎症细胞浸润，就会产生黄痰。
慢性支气管炎相关
长期炎症累积： 慢性支气管炎患者，气道长期处于炎症状态。气道黏膜反复受损修复，腺体分泌功能亢进，会持续产生较多分泌物。在早晨起床时，由于体位变化，积聚在气道内的痰液会刺激机体咳嗽排出，所以容易出现黄痰。一般病程较长，多在3个月以上，每年发病持续3个月及以上，且排除其他心肺疾病。细菌定植感染： 慢性支气管炎患者的气道环境适合细菌定植，比如流感嗜血杆菌、肺炎链球菌等容易在其中生长繁殖，进一步加重炎症反应，使得痰液变黄变稠。
其他可能原因
鼻窦炎波及： 鼻窦和鼻腔相连，鼻窦发生炎症时，炎性分泌物会倒流至咽喉部，早晨起床后体位改变，分泌物刺激喉咙就会出现黄痰。鼻窦炎患者除了有黄痰，还可能有鼻塞、头痛等症状，鼻窦CT检查可辅助诊断。吸烟因素影响： 长期吸烟的人，烟草中的有害物质会损伤呼吸道黏膜，使呼吸道的自净功能下降，黏液分泌异常。早晨起来时，呼吸道内积聚的被污染的黏液就容易表现为黄痰，长期吸烟还会大大增加慢性阻塞性肺疾病等呼吸道疾病的发病风险，进而加重黄痰的情况。