阴茎痒有小疙瘩可能是多种疾病的症状，以下是一些可能的原因：
1.包皮龟头炎：包皮过长或包茎的人容易发生包皮龟头炎，表现为阴茎头部瘙痒、红斑、丘疹、小水疱等。
2.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。初期表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位出现红斑、丘疹，很快形成水疱，疱液澄清，疱壁薄易破，可伴有瘙痒、疼痛。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性接触传播。初期表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位出现淡红色丘疹，逐渐增大、增多，形成乳头状、菜花状或鸡冠状赘生物，表面粗糙，易出血。
4.梅毒：由梅毒螺旋体感染引起，主要通过性接触传播。一期梅毒表现为阴茎、龟头出现无痛性溃疡，称为硬下疳，一般单发，基底硬，无明显疼痛。
5.其他：阴茎痒有小疙瘩还可能与过敏、真菌感染、药物疹等有关。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，具体原因需要根据患者的具体情况进行诊断。如果出现阴茎痒有小疙瘩的症状，建议及时就医，进行相关检查，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，保持阴茎清洁，避免搔抓，避免不洁性生活。