小儿开塞露正确使用时副作用相对较少，但如果使用不当也可能有一些问题。一般来说，正确使用小儿开塞露偶尔使用副作用不明显，但频繁使用可能会有影响。
偶尔使用副作用较轻
小儿开塞露主要成分是甘油或山梨醇，偶尔给小儿使用来缓解便秘时，通常副作用比较轻。比如短时间内使用一次，可能只会出现局部的轻微刺激感，孩子可能会有短暂的肛周不适，但一般很快就会缓解，不会对身体造成严重的不良影响。
长期或不当使用的潜在问题
长期使用可能产生依赖：如果频繁使用小儿开塞露来帮助小儿排便，可能会使小儿的肠道产生依赖，自身的排便反射会变得不敏感，反而更不利于自主排便功能的恢复。一般建议连续使用不要超过一周，如果超过一周仍有便秘问题，应及时就医查找原因。不当操作可能造成损伤：在使用小儿开塞露时，如果操作不当，比如插入肛门过深或用力过猛，可能会造成小儿肛周黏膜或直肠黏膜的损伤，引起疼痛、少量出血等情况。所以在使用时要注意动作轻柔，插入深度要适中，一般插入肛门2 - 3厘米左右即可。
特殊小儿需谨慎使用
新生儿要格外小心：新生儿的肠道和肛门黏膜比较娇嫩，使用小儿开塞露时更要谨慎。如果新生儿出现便秘情况，首先应尝试非药物的方法来缓解，比如适当增加喂养量（对于母乳喂养的新生儿，妈妈要注意自己的饮食，多吃富含膳食纤维的食物），或者顺时针轻柔按摩新生儿腹部，促进肠道蠕动。只有在非药物方法无效且医生评估后认为必要时，才谨慎使用小儿开塞露，并且使用时要严格遵循医生指导的方法和剂量。有肛周疾病的小儿：如果小儿本身有肛周破损、炎症等疾病，使用小儿开塞露可能会加重局部的不适症状，甚至导致感染扩散等问题。所以这类小儿在使用小儿开塞露前，需要先告知医生肛周的情况，由医生判断是否可以使用以及如何正确使用。