治疗新生儿黄疸最有效的药物主要有两种，即双歧杆菌四联活菌片和茵栀黄口服液。
双歧杆菌四联活菌片是一种复方制剂，主要成分有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌和蜡样芽孢杆菌，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人体具有潜在危害的菌类。常用于治疗与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、功能性消化不良。
茵栀黄口服液的主要成分有茵陈提取物、栀子提取物、黄芩苷、金银花提取物，有清热解毒、利湿退黄的功效，可增加肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄，从而降低胆红素水平。主要用于治疗肝胆湿热所致的黄疸，症状可见面目悉黄、胸胁胀痛、恶心呕吐、小便黄赤。
需要注意的是，以上两种药物均需在医生的指导下使用，家长不可自行给孩子用药，以免用药不当对孩子的身体造成不良影响。