女孩疝气手术一般是安全的，但也可能存在一些相对少见的危害。比如，手术可能出现出血情况，不过概率较低，大约在1%左右；还可能发生感染，感染几率通常小于5%。另外，术后有一定的复发风险，小儿疝气术后复发率一般在1% - 5%之间。
术后恢复相关危害
疼痛方面： 手术部位会有疼痛感觉，不过多数女孩能耐受，一般术后1 - 2天疼痛较明显，之后会逐渐减轻。活动限制： 术后短时间内需要限制剧烈活动，比如术后1周内不建议进行跑跳等运动，否则可能影响伤口愈合，甚至导致疝气复发。
麻醉相关影响
麻醉反应： 手术需要麻醉，可能出现麻醉相关反应，像少数女孩可能在麻醉后有恶心、呕吐情况，一般持续1 - 2天就能缓解。对身体发育的潜在影响： 虽然目前没有明确证据表明常规的小儿疝气手术麻醉会对女孩的身体发育造成长期不良影响，但从理论上讲，频繁或不恰当的麻醉可能存在一定未知风险，不过这种风险发生概率极低。
心理方面影响
恐惧心理： 手术过程可能会给女孩留下心理阴影，导致术后一段时间内对手术相关场景产生恐惧，比如害怕去医院、害怕再次手术等。家长需要给予足够的心理安抚，一般经过1 - 2个月的心理调适能逐渐缓解。对自我认知的影响： 个别的女孩可能会因为经历手术而对自己的身体产生一些负面的自我认知，觉得自己和其他孩子不一样，这时候需要家长和医生共同引导，帮助女孩正确认识自身情况，树立积极的心态。