口腔厌氧菌感染首选药是甲硝唑和阿莫西林。
甲硝唑对大多数厌氧菌具有强大的抗菌作用，但对需氧菌和兼性厌氧菌无作用。适用于治疗或预防上述厌氧菌引起的系统或局部感染，如腹腔、消化道、女性生殖系、下呼吸道、皮肤及软组织、骨和关节等部位的厌氧菌感染，对败血症、心内膜炎、脑膜感染以及使用抗生素引起的结肠炎也有效。治疗破伤风常与破伤风抗毒素（TAT）联用。
阿莫西林为广谱青霉素类抗生素，对大多数致病的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌（包括球菌和杆菌）均有强大的抑菌和杀菌作用。可作为广谱半合成青霉素，临床上用于治疗扁桃体炎、喉炎、肺炎、慢性支气管炎、泌尿系统感染、皮肤软组织感染、化脓性胸膜炎、肝胆系统感染、败血症、伤寒、亚急性心内膜炎等。
需要注意的是，这两种药物都可能引起胃肠道反应，如恶心、呕吐、食欲不振等。此外，甲硝唑还可能引起头痛、眩晕、皮疹、白细胞减少等不良反应。因此，在使用这些药物时，应遵循医生的建议，按照正确的剂量和使用方法服用。同时，对青霉素类药物过敏者、传染性单核细胞增多症患者、孕妇及哺乳期妇女应禁用阿莫西林；有活动性中枢神经疾病和血液病者禁用甲硝唑。