调节胃肠道菌群的药物主要有益生菌类、益生元类和合生元类等。比如益生菌类药物中，常见的有双歧杆菌四联活菌片等，一般来说这类药物能帮助补充肠道有益菌，改善菌群失衡状况。
一、益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它包含双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能在肠道内定植，抑制有害菌生长，通常可用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等情况。但注意，对其中成分过敏者禁用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，调整肠道菌群，促进肠道对营养物质的消化、吸收，适用于肠道菌群失调引起的腹胀、消化不良等。不过，服用时要用低于40℃的温水或牛奶冲服，避免高温破坏活性菌。
二、益生元类药物
低聚果糖： 它是一种天然的益生元，能被肠道有益菌如双歧杆菌等选择性利用，促进其增殖，从而改善肠道菌群环境。它可以增加粪便体积，起到预防便秘的作用，而且安全性较高，一般人群都可使用，但过量服用可能会引起轻度腹泻。菊粉： 也是常见的益生元，能被肠道中的有益微生物发酵利用，有助于调节肠道菌群平衡，还能增加肠道内短链脂肪酸的产生，对肠道健康有益。不过，部分人可能在食用初期出现肠胃不适，如胀气等，一般适应后会缓解。
三、合生元类药物
合生元益生菌冲剂： 它是益生菌和益生元的组合，既含有双歧杆菌等有益菌，又含有能被有益菌利用的益生元成分，两者协同作用，更好地调节胃肠道菌群。它适用于免疫力低下、肠道功能紊乱的人群，但在服用时要注意保存条件，需密封，置阴凉干燥处。