药流后第一次月经结束后又有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.药流不全：药流后可能会有少量胎膜残留，导致子宫收缩不良，引起阴道出血淋漓不尽。如果残留物较小，可能表现为褐色分泌物。此时需要进行B超检查，以确定是否有残留。如果有残留，可能需要再次清宫。
2.子宫内膜修复不良：药流可能会对子宫内膜造成一定的损伤，需要一定的时间来修复。在修复过程中，可能会出现少量褐色分泌物。这种情况一般不需要特殊处理，注意休息和个人卫生即可。
3.感染：药流后如果不注意个人卫生，或者过早同房，可能会引起感染，导致子宫内膜炎等疾病，出现褐色分泌物。同时还可能伴有腹痛、发热等症状。需要及时就医，进行抗感染治疗。
4.内分泌失调：药流后体内激素水平可能会发生变化，导致内分泌失调，引起月经异常。这种情况一般不需要特殊处理，随着身体的恢复，激素水平会逐渐恢复正常。
5.其他：如宫颈息肉、子宫肌瘤等疾病，也可能导致药流后月经异常。
需要注意的是，药流后出现褐色分泌物时，应及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，药流后要注意休息，保持个人卫生，避免过早同房和盆浴，以免引起感染。如果药流后出现腹痛、发热等异常情况，应及时就医。