治疗灰指甲的药物主要有以下几种：
1.外用药物：
阿莫罗芬搽剂：阿莫罗芬是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用。使用时先用药盒中的甲锉尽可能锉光受感染的指甲，然后再将搽剂均匀涂抹于患处。感染面积比较小的灰指甲患者可以单独使用阿莫罗芬搽剂进行治疗。
环吡酮胺乳膏：环吡酮胺乳膏是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用。使用时先用药盒中的甲锉尽可能锉光受感染的指甲，然后再将乳膏均匀涂抹于患处。感染面积比较小的灰指甲患者可以单独使用环吡酮胺乳膏进行治疗。
碘酊：碘酊具有强大的杀菌作用，能够抑制真菌的生长。使用时用棉花棒蘸取适量碘酊，涂抹在灰指甲上，每天2-3次。碘酊可能会使指甲染色，这种颜色会随着指甲的生长逐渐消失。
冰醋酸溶液：冰醋酸溶液也具有杀菌作用，能够软化指甲，有利于药物的渗透和吸收。使用时将冰醋酸溶液倒在棉花上，然后将棉花包裹在指甲上，每天更换一次。
2.口服药物：
伊曲康唑胶囊：伊曲康唑是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用。口服伊曲康唑胶囊时需要按照疗程服用，一般需要服用1-3个月。在服用伊曲康唑胶囊期间，需要定期检查肝功能，因为该药物可能会对肝功能造成损害。
特比萘芬片：特比萘芬是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用。口服特比萘芬片时也需要按照疗程服用，一般需要服用1-3个月。特比萘芬片的副作用较小，对肝功能的影响较小。
需要注意的是，灰指甲是一种传染性疾病，治疗期间应避免与他人共用毛巾、拖鞋等物品，以免传染给他人。同时，灰指甲的治疗需要一定的时间，患者应坚持用药，直至新指甲完全长出。如果灰指甲症状较为严重，或使用药物治疗效果不佳，可能需要考虑手术治疗。