体外冲击波碎石有一定副作用，但发生率相对较低。一般来说，约10% - 15%的患者可能出现一些轻微不适。
局部组织损伤方面
疼痛：碎石过程中可能会引起局部组织疼痛，多数患者表现为腰部或腹部的隐痛、胀痛，一般在碎石后1 - 3天内可逐渐缓解。血尿： 约30% - 50%的患者会出现短暂的镜下血尿，少数人会有肉眼血尿，通常1 - 2天内会自行消失。
全身反应方面
发热： 少数患者可能出现低热，体温一般不超过38.5℃，多是因为碎石后结石碎片排出过程中引起输尿管痉挛，导致局部轻微炎症反应所致，大多在1 - 3天内体温恢复正常。恶心呕吐： 可能是冲击波刺激肾脏、输尿管等部位，引起神经反射导致，一般经过对症处理后，1 - 2天内可缓解。
并发症方面
石街形成： 比较少见，多发生在结石较大、数量较多的患者身上。当大量结石碎片在输尿管内堆积，可能会造成输尿管梗阻，引起肾积水等情况，此时需要进一步处理，如再次碎石、输尿管镜取石等。感染加重： 本身存在尿路感染的患者，碎石后可能会导致感染扩散，出现寒战、高热等严重感染症状，需要及时应用抗生素控制感染。不过，这些副作用并不是都会发生在每一个患者身上，而且大多数副作用通过适当的处理都可以得到缓解或恢复。在进行体外冲击波碎石前，医生会对患者进行全面评估，以降低副作用发生的风险。