小儿抽动症的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、神经生化因素以及心理社会因素等有关。有研究表明，约50%~60%的患儿有家族遗传倾向，若家族中有患抽动症或其他神经精神疾病的亲属，小儿患抽动症的风险会相对增加。
遗传因素方面：
家族遗传倾向： 多项研究发现，小儿抽动症具有明显的家族聚集性。如果一级亲属（父母、兄弟姐妹）中有患抽动症的情况，那么儿童发生抽动症的概率比正常人群高出数倍。例如，有家族遗传史的儿童，其发病风险可能是无家族史儿童的3~5倍。基因关联： 目前已经发现一些基因与小儿抽动症的发生相关，比如多巴胺受体基因等。这些基因的突变或多态性可能影响神经递质的传递和调节，从而增加小儿患抽动症的易感性。
神经生化因素方面：
神经递质失衡： 多巴胺、去甲肾上腺素、5-羟色胺等神经递质在大脑中的平衡失调可能与小儿抽动症有关。例如，多巴胺功能亢进可能导致抽动症状的出现。研究发现，患儿脑内纹状体部位多巴胺受体密度增加，使得多巴胺能神经传递过度，进而引发肌肉不自主抽动等表现。其他神经生化物质： γ-氨基丁酸等抑制性神经递质的功能异常也可能参与小儿抽动症的发病。当γ-氨基丁酸水平降低时，大脑的抑制功能减弱，容易出现异常的神经活动，导致抽动症状发生。
心理社会因素方面：
精神应激： 长期的精神压力或不良生活事件可能诱发或加重小儿抽动症。比如，家庭环境不和谐，父母关系紧张、经常争吵，或者儿童在学校面临学习压力过大、受到老师批评、与同学关系不融洽等情况，都可能使儿童处于持续的精神紧张状态，从而增加抽动症的发病风险或导致症状加重。例如，有调查显示，约30%的抽动症患儿在发病前有明显的精神应激事件，如父母离异、亲人死亡、家庭搬迁等。性格因素： 某些性格特点的儿童也更容易患抽动症。比如性格内向、敏感、情绪不稳定、胆小、固执的儿童，面对外界压力时更难以调节自身的心理状态，从而更易出现抽动症状。