保胆取石术有一定缺点，比如复发率相对较高，有研究显示部分患者在术后1年内结石复发率可能达到20%~30%。
结石复发风险较高
胆囊功能受限情况： 保胆取石术是取出结石保留胆囊，但如果胆囊本身已经存在一定程度的炎症、收缩功能下降等问题，即使取出结石，后续胆汁成分等因素仍可能导致结石再次形成。比如一些患者胆囊黏膜存在损伤，就更容易让胆汁中的成分沉积形成新的结石。个体差异影响： 不同患者的体质、胆汁成分等存在差异，有些患者胆汁中胆固醇含量较高或者胆红素代谢异常，这就增加了保胆取石术后结石复发的几率。比如有家族性胆固醇代谢异常的患者，保胆取石术后结石复发的可能性相对更高。
术后胆囊炎症可能持续
炎症残留问题： 手术过程中对胆囊有一定操作，术后胆囊局部可能存在炎症残留情况。部分患者在保胆取石术后会持续有右上腹隐痛等胆囊炎症相关症状，影响生活质量。一般来说，大约有10%~15%的患者术后会存在不同程度的胆囊炎症持续情况。感染风险： 虽然进行了保胆取石操作，但胆囊的防御功能可能受到一定影响，存在发生感染的风险。如果发生胆囊感染，会出现发热、腹痛加剧等症状，需要进一步治疗，增加了患者的痛苦和医疗成本。
适用人群相对局限
结石情况受限： 保胆取石术并非适合所有胆囊结石患者。比如结石数量较多、结石直径较大或者结石充满胆囊等情况，就不适合做保胆取石术。一般来说，当胆囊内结石数量超过3颗，或者结石直径大于2厘米时，保胆取石术的效果不佳且复发风险很高。胆囊功能严重受损者： 如果患者胆囊已经严重萎缩、胆囊壁增厚超过3毫米等，胆囊的正常功能已经大打折扣，这时候进行保胆取石术意义不大，因为即使取出结石，胆囊也无法正常发挥储存和浓缩胆汁的功能，术后还是容易出现各种问题。