自然周期移植冻胚的成功率大概在40%~50%左右，但具体成功率会受多种因素影响。
影响自然周期移植冻胚成功率的因素一：女方年龄
年轻女性成功率相对高：一般来说，35岁以下女性进行自然周期移植冻胚，成功率相对较高，可能能达到50%左右。因为年轻女性卵巢功能较好，卵子质量相对更优。年龄较大成功率下降：随着年龄增长，尤其是35岁以上女性，卵巢储备功能下降，卵子质量和数量都有所降低，自然周期移植冻胚的成功率会逐渐下降，可能降到30%以下。
影响自然周期移植冻胚成功率的因素二：子宫内膜情况
内膜厚度合适很关键：子宫内膜厚度在8~12毫米时比较适合胚胎着床，此时自然周期移植冻胚成功率相对较高。如果内膜过薄，低于7毫米，胚胎着床难度增大，成功率会受影响；内膜过厚，超过14毫米，也可能影响胚胎着床。内膜容受性影响：除了厚度，子宫内膜的容受性也很重要。如果子宫内膜容受性不佳，即使厚度合适，胚胎也不容易着床，会降低自然周期移植冻胚的成功率。比如一些患有子宫内膜炎等疾病的女性，内膜容受性会受到影响。
影响自然周期移植冻胚成功率的因素三：胚胎质量
优质胚胎成功率高：优质的胚胎自然周期移植冻胚成功率相对较高。通常经过严格筛选的优质胚胎，着床能力更强。一般胚胎等级越高，移植成功率相对越好。胚胎自身问题降低成功率：如果胚胎本身存在染色体异常等问题，那么自然周期移植冻胚的成功率会大大降低，即使移植了，也很容易出现胚胎不着床或着床后流产等情况。