细菌性阴道炎主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，其中乳杆菌减少，加德纳菌及其他厌氧菌增多是常见原因。正常情况下，阴道内以产生过氧化氢的乳杆菌占优势，当阴道内环境改变，如频繁性交、阴道灌洗等使阴道碱化时，乳杆菌减少，其他病菌大量繁殖，就容易引发细菌性阴道炎。
阴道菌群失衡方面
阴道内环境改变： 正常阴道内有多种微生物，它们相互制约、相互依存，维持着阴道的生态平衡。如果长期使用抗生素，会抑制乳杆菌生长，破坏阴道微生态平衡，从而有利于其他致病菌生长繁殖，增加细菌性阴道炎的发病风险。比如长期大量使用广谱抗生素，约有1/3的女性可能会出现阴道菌群失调引发相关炎症。阴道冲洗过度： 频繁进行阴道冲洗，会破坏阴道的酸性环境，正常的酸性环境有助于抑制有害菌生长，过度冲洗使阴道pH值升高，不利于乳杆菌生长，容易导致细菌性阴道炎发生。一般建议每周阴道冲洗次数不超过2次。
性行为因素方面
频繁性交影响： 频繁的性交会改变阴道的微环境，增加细菌性阴道炎的发生几率。有研究表明，性生活较活跃的女性，患细菌性阴道炎的风险比性生活少的女性高出一定比例。比如每周性交次数大于4次的女性，患病风险相对更高。多个性伴侣影响： 拥有多个性伴侣会使阴道感染病原体的机会增加，因为不同性伴侣可能携带不同的病菌，从而破坏阴道正常的菌群平衡，引发细菌性阴道炎。有多个性伴侣的女性患细菌性阴道炎的概率明显高于单一性伴侣的女性。
其他因素方面
卫生习惯不佳： 不注意外阴清洁卫生，如不经常更换内裤、不清洗外阴等，会导致细菌在阴道内滋生，增加细菌性阴道炎的发病可能。例如长时间不更换内裤，会使局部细菌繁殖，引发阴道炎症。经期卫生问题： 经期使用不合格的卫生巾或卫生棉条，或者经期不注意外阴清洁，都容易为细菌滋生提供条件，增加细菌性阴道炎的发生风险。在经期，女性身体抵抗力相对较低，更要注意卫生防护。