男方染色体异常本身通常没有明显的外在表现，但可能会导致一些生育相关的问题。比如，染色体异常可能使男性的精子质量受到影响，据统计，约10% - 15%的不育男性存在染色体异常情况。
生殖系统相关表现
精子异常方面：染色体异常可能导致精子的数量、形态和活力出现问题。部分染色体异常的男性，其精子数量可能低于正常水平，正常男性精子密度应大于15×10⁶/毫升，而染色体异常男性可能低于这个数值。同时，精子形态也可能异常，正常形态精子应占4%以上，染色体异常者可能低于该比例。生育能力受影响：染色体异常会显著降低男性的生育几率。例如，平衡易位的男性，其自然受孕的概率会大大降低，相比染色体正常的男性，受孕难度要高很多。
发育及健康潜在影响
身体发育异常：某些特定的染色体异常可能导致身体发育方面的问题。比如克氏综合征，患者染色体核型为47,XXY，这类男性可能在青春期后出现睾丸小而硬、阴茎短小、胡须稀少等第二性征不明显的情况，身高可能高于正常男性，但四肢相对较长。健康隐患：染色体异常还可能增加一些疾病的患病风险。有研究发现，染色体异常的男性患某些遗传性疾病的概率比正常人群高，如某些血液系统疾病等，但具体患病风险因不同的染色体异常类型而有所差异。
遗传给后代的风险
遗传给子代的可能性：男方染色体异常有一定概率遗传给后代。例如，若男方是平衡易位携带者，其生育的子代有1/4的概率完全正常，1/4的概率也是平衡易位携带者，还有1/2的概率出现染色体不平衡，导致流产、死胎或出生缺陷儿等情况。像唐氏综合征，就是由于染色体数目异常（21 - 三体），若父亲携带相关易位染色体，就可能将异常遗传给后代。